【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2022. 3. 7. 원고에 대하여 한 [별지1] ‘2022. 3. 7.자 부과처분’ 중 ‘최종 부과처분’란 기재 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

주위적으로,주문 제1항과 같다.예비적으로,피고가2022. 4. 27.원고에 대하여 한[별지2] ‘2022. 4. 27.자 경정거부처분’(이하‘별지2표’라 함)기재 처분 및2022. 3. 7.원고에 대하여 한[별지1] ‘2022. 3. 7.부과처분’(이하‘별지1표’라 함)중‘증액분 고지세액’란 기재 취득세,지방교육세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 각 취소한다.
▣이 유

1.기초사실

가.당사자의 지위

(1)○○○는‘부산 동래구○○동’(이하‘○○동’이라 줄여 씀) 3-2대538㎡,○○동3-4대442.7㎡,○○동3-10대393.2㎡및 위 각 토지상 지하4층,지상9층 건물(이하 위 각 토지 및 건물을 통틀어‘이 사건 각 부동산’이라 함)에 관하여2007. 7. 30.소유권이전등기를 마치고,위 건물에서‘○○빌딩’이라는 상호로 부동산임대업(이하‘이 사건 사업’이라 함)을 영위하였다.
(2)원고는 온라인·오프라인 쇼핑몰업,가정용품 제조 및 도소매업,전자상거래업 등의 영위를 목적으로2019. 3. 21.에 설립된 주식회사이다.
나.○○○와 원고 사이의 계약

(1)○○○와 원고는2021. 10. 27.○○○가 원고에게 이 사건 각 부동산을 포함한 이 사건 사업 일체를 현물출자하고 원고가 발행하는 신주를 인수하는 내용의‘포괄적 현물출자에 의한 중소기업간 통합계약’(이하‘이 사건 계약’이라 함)을 체결하였는데,그 주요 내용은 아래와 같다.
제1조(목적) 본 계약은 ○○○1)가 운영하고 있는 이 사건 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 원고에게 포괄적 현물출자에 의한 중소기업간 통합함으로써 부가가치세법 제10조 제9항 제2호의 규정에 의한 사업 양도를 하고, 조세특례제한법 제31조에 의한 양도소득세 이월과세 조세특례와 지방세특례제한법 제57조 제3항 제5호에 의한 취득세 면제를 받는 중소기업 간 통합에 따른 현물출자를 함에 그 목적이 있다.제2조(사업의 포괄승계) 현물출자에 의한 중소기업간 통합 기준일 현재 ○○○가 운영 중인 사업은 이 사건 각 부동산 임대차 계약에 따른 임대사업으로 원고가 이를 포괄승계하기로 한다.제3조(현물출자에 의한 중소기업간 통합 기준일) ○○○는 2021. 10. 31.을 현물출자에 의한 중소기업간 통합 기준일로 하여 동일 현재 이 사건 사업의 자산 총액에서 부채 총액을 차감한 순자산 가액을 현물출자하기로 한다.제4조(현물출자 가액) 현물출자 가액은 제3조의 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액 범위 내에서 공인회계사의 감사보고서상의 금액으로 하되 자산총액과 부채총액은 장부가액에 불구하고 다음과 같이 수정 평가한다.① 토지, 건물은 감정평가법인 2곳의 평균 감정가액으로 수정 평가한다.② 위 1항을 제외한 자산과 부채는 공인회계사의 감사보고서상 금액으로 수정 평가한다.제5조(현물출자에 대하여 교부할 주식의 종류와 수) 원고는 제4조에서 정한 방법에 의하여 계산된 금액에 상당하는 보통주식을 ○○○에게 교부하기로 한다. 단, 신주의 발행가액은 원고의 이사회에서 결정한 금액으로 한다.제6조(계약의 효력) 본 계약은 2021. 10. 31.에 효력이 발생한다. 따라서 ○○○는 법원 인가 후 현물출자를 폐업사유로 하는 폐업신고를 하여야 한다. 다만 법원 인가를 받지 못하는 경우에는 본 계약은 효력이 없다.제7조(포괄 양도양수) ○○○ 명의의 임대사업자 지위를 원고가 포괄적으로 양도·양수한다.

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주1)이 사건 계약서에는 당사자가‘갑’과‘을’로 표기되어 있고,갑에는‘A빌딩 대표자○○○’,을에는 원고가 각 기재되어 있다.계약서 원문상‘갑’으로 기재된 부분을 맥락에 따라○○○또는 이 사건 사업으로 바꾸어 기재하였다.
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(2)○○○는 이 사건 계약에 따라2021. 12. 22.이 사건 각 부동산에 관하여2021. 10. 27.자 현물출자를 원인으로 하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 각 마쳐주었다.
(3)원고는2021. 12. 22.피고에게 이 사건 각 부동산 취득과 관련하여 취득가액을20,463,140,319원으로 신고하고,지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호에 따라 세액의100분의75를 경감해 줄 것을 신청하는 한편,이를 전제로 산정한 취득세248,115,950원 및 이에 따른 농어촌특별세125,767,720원,지방교육세24,811,590원 합계398,695,260원을 신고·납부하였다(이하 취득세,농어촌특별세 및 지방교육세를 통틀어‘취득세 등’이라 하고,위 취득세 등 신고 및 납부를‘이 사건 신고납부’라 한다).
다.이 사건 계약의 취소 및 원상회복

(1)○○○는2022. 2. 4.원고에게 이 사건 각 부동산의 양도와 관련하여 조세특례제한법 제31조에 따른 양도소득세 이월과세 혜택이 적용되지 않음을 이유로,민법 제109조 제1항에 따라 이 사건 계약을 취소한다는 취지의 내용증명우편을 발송하였고,위 내용증명우편은2022. 2. 7.원고에게 송달되었다.
(2)원고도2022. 2. 8.○○○에게 이 사건 각 부동산의 취득과 관련하여 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호에 따른 취득세 감면이 적용되지 않음을 이유로 민법 제109조 제1항에 따라 이 사건 계약을 취소한다는 취지의 내용증명우편을 발송하였고,위 내용증명우편은2022. 2. 9.○○○에게 송달되었다.
(3)앞에서 본 바와 같은 경위로 이 사건 각 부동산에 관하여 마쳐진 원고 명의의 각 소유권이전등기는2022. 2. 18.같은 일자 계약 취소를 원인으로 하여 각 말소되었다.
라.원고의 취득세 등 경정청구와 그 이후의 경과

(1)원고는2022. 3. 4.피고에게 이 사건 계약이 취소되었음을 이유로 이 사건 신고납부에 따라 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다(이하‘이 사건 경정청구’라 함).
(2)그런데,피고는2022. 3. 7.원고의 이 사건 각 부동산 취득과 관련하여 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호가 적용되지 않음을 전제로,이 사건 신고납부 당시 감면된 세액을 증액하는 취지로 별지1표 기재와 같이 취득세 등을 부과하였다(이하‘이 사건 증액부과처분’이라 한다).
(3)그리고,피고는2022. 4. 27. ‘이 사건 신고납부에 의하여 취득세 등 납세의무가 구체적으로 확정된 이상,위 신고납부가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효인 경우를 제외하고는 취득세 부과처분에 영향을 미치지 않고,이 사건 각 부동산에 관하여 소유권이전등기까지 완료한 이상 이미 신고납부한 취득세를 환급하는 것은 법령에 근거가 없다’는 이유로 별지2표 기재와 같이 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다).
(4)원고는 이 사건 증액부과처분 및 이 사건 거부처분(이하에서 통틀어서‘이 사건 각 처분’이라 함)에 불복하여2022. 6. 2.조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나,조세심판원은2023. 6. 15.청구를 기각하는 결정을 내렸다.
(5)이 사건 신고납부 및 이 사건 각 처분 관련 법령은[별지3]기재와 같다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑제1호증 내지 갑제5호증,갑제7호증 내지 갑제10호증,을제2호증,을제7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,이하 같음)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.원고 주장의 요지

이 사건 각 부동산의 양도와 관련하여○○○에게 조세특례제한법 제31조에 따른 양도소득세 이월과세 혜택이 적용되고,이 사건 각 부동산의 취득에 관하여 원고에 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호에 따른 취득세 감면이 적용된다고 본 것은 이 사건 계약 체결의 동기로서 위 계약 체결 당시 명백히 표시된 것이고,○○○와 원고 모두 이 사건 각 부동산의 양도와 관련하여 위 각 규정이 적용되지 않음을 알았더라면 이 사건 계약을 체결하지 않았을 것이다.
그렇다면○○○와 원고에게는 이 사건 계약을 체결함에 있어 그 내용의 중요부분에 관한 착오가 있었고,이를 이유로 쌍방이 이 사건 계약을 취소한다는 의사표시를 한 이상 처음부터 취득세 등 과세대상이 되는 취득 행위가 있었다고 볼 수 없다.
따라서 피고는 원고의 청구에 따라 취득세 등 세액을 경정하였어야 함에도 불구하고 이와 달리 이 사건 각 처분을 하였으므로,이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
이에 원고는①이 사건 증액부과처분에 이 사건 신고납부세액이 흡수되었음을 전제로 주위적으로는 이 사건 증액부과처분 전체의 취소를 구하고,②이 사건 신고납부세액과 이 사건 증액부과처분에 따른 증액분이 병존함을 전제로 예비적으로는 이 사건 거부처분 및 이 사건 증액부과처분 중 별지1표‘증액분 고지세액’란 부분의 취소를 구한다.
3.주위적 청구에 관한 판단

가.관련 법리

취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세대상으로 하는 것이고,지방세법 제7조 제2항은 취득세의 과세대상이 되는 부동산 취득에 관하여 민법 기타 관계 법령에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에 취득한 것으로 보도록 규정하고 있으므로,부동산에 관한 사실상의 취득행위가 존재하게 되면 그에 대한 조세채권이 당연히 성립하고,취득의 원인이 된 계약으로 인하여 납세의무자가 일단 부동산을 적법하게 취득한 다음에는 그 후 합의에 의하여 계약을 해제하고 그 부동산을 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다.
그런데 취득의 원인이 된 계약이 무효이거나 취소된 경우에는 처음부터 취득세의 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 있다고 할 수 없으나,조세소송에서 과세처분의 위법 여부를 판단하는 기준시기는 그 처분 당시라 할 것이어서 착오를 이유로 취득의 원인이 된 계약의 취소가 이루어졌다고 하더라도 그 착오의 내용이나 증여 의사표시를 취소하는 목적 등에 비추어 볼 때 사실상 과세처분이 이루어진 이후의 사정에 근거한 것으로서 그 실질에 있어서는 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과한 경우에는 그 취소로 인한 취득세 과세처분의 효력에 대하여도 합의해제에 관한 위 법리가 그대로 적용된다고 할 것이다(대법원2013. 6. 28.선고2013두2778판결 등 참조).
나.인정사실

앞서 든 증거들,갑제6호증,을제1호증,을제3호증 내지 을제6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 사실을 인정할 수 있다.
(1)중소벤처기업부장관은2020. 10. 7.원고가 중소기업기본법 제2조에 의한 중소기업(소기업)에 해당한다는 내용으로,원고에게 유효기간2020. 4. 1.부터2021. 3. 31.까지로 되어 있는 확인서(이하‘이 사건 확인서’라 함)를 발급해 주었다.
(2)이 사건 계약에 따른 원고의 신주발행과 관련하여, 2021. 12. 9.상법 제422조에 따라 조사보고서에 대한 인가가 이루어졌다(부산지방법원2021비합35호).○○○는 같은 날 원고 발행 신주2,016,920주(주당 액면금액5,000원)를 인수하였다.
(3)피고는 원고가 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기를 마친 다음날인2021. 12. 23.부산지방중소벤처기업청에 원고가 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업에 해당하는지 여부의 확인을 요청하였다.이에 대하여 부산지방중소벤처기업청장은2021. 12. 29.피고에게‘중소기업기본법 제2조 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 자산총액이5천억 원 이상인 법인이 주식 등을30%이상 직·간접 소유하고,최다 출자자인 경우 해당기업의 규모와 관계없이 중소기업에 해당하지 않는다’는 취지로 회신하였다.
(4)피고는2022. 2. 7.원고에 대하여 원고가 중소기업에 해당하지 않아 이 사건 각 부동산 취득과 관련하여 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호가 적용될 수 없음을 이유로,이 사건 신고납부 당시 감면된 취득세 및 지방교육세 본세 및 이에 대한 과소신고가산세와 납부지연가산세 등을 추징할 것임을 예고하였다.
다.원고의 취득세 등 납부의무 유무

과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로,원고는 이 사건 증액부과처분에 대하여 다투면서 이 사건 신고납부에 따른 세액 부분의 납세의무에 관해서도 함께 다툴 수 있다고 볼 것이다(대법원2013. 4. 18.선고2010두11733전원합의체 판결 등 참조).
이에 따라 이 사건 증액부과처분의 적법성 여부를,원고가 애초에 이 사건 각 부동산의 취득과 관련하여 취득세 등 납부의무를 부담하는지 여부의 관점에서 판단한다.
위 인정사실들과 앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 관련 법리에 비추어 종합하면,이 사건 계약은 민법 제109조에 의하여 적법하게 취소되었다고 판단되고,그 실질이 사실상 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과하다고 보이지도 않는다.따라서 취득세 등 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 있다고 할 수 없어 원고에게 취득세 등의 납부의무가 성립할 수 없다.
따라서 이 사건 증액부과처분은 이와 전제를 달리한 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.
(1)○○○가 원고에 이 사건 각 부동산을 현물출자 함에 있어 조세특례제한법 제31조 및 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호 등이 적용되어○○○에 대한 양도소득세가 이월과세되고 원고에 대한 취득세 등이 감경된다는 점은,○○○와 원고가 이 사건 계약을 체결한 동기로서 이 사건 계약 전문 및 제1조 등에 따라 위 계약의 내용의 중요부분으로 편입되었다고 볼 것이다.
이 사건 각 부동산의 가액과 원고가 그 대가로 인수한 신주의 가액 및 이 사건 증액부과처분의 세액,이 사건 계약의 내용과 목적 등 제반 사정을 종합하면,위와 같은 동기가 없었다면○○○와 원고는 이 사건 계약을 체결하지 않았을 것으로 보이고,이는 이 사건 계약 체결 당시의 사정에 관한 것으로서 피고의 주장처럼 이 사건 계약 체결 당시 당사자들이 예측 내지 기대한 바가 나중에 실현되지 않은 것에 그친다고 보기는 어렵다.
결국○○○와 원고는 이 사건 계약을 체결함에 있어 법률행위의 중요부분에 착오가 있었다고 판단된다.
(2)이 사건 확인서 발급과 관련하여 원고 측에서 허위 자료 제출이나 그 밖에 부정한 행위 등이 있었다고 볼 만한 자료가 없다.중소기업기본법 제2조 및 같은 법 시행령 제3조가 정한 중소기업에 해당하는지 여부의 판단이 법률상·사실상 간단해 보이지만은 않고,원고의 중소기업 해당 여부와 관련하여 원고의 모회사인 주식회사○○(이하‘○○’이라 함)의 자산총액이5천억 원 이상인지 여부가 문제되었다는 점을 고려하면 더욱 그러하다.
게다가 같은 법 제2조 제3항에 따라 기업 규모 확대로 더 이상 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에도3년간 중소기업에 해당하여,이 사건 계약 체결 당시 이 사건 확인서의 유효기간이 종료하였다 하더라도,원고가 계속하여 중소기업에 해당하는 것으로 인식하였을 여지도 상당해 보인다.
이러한 점들에 비추어,이 사건 계약 체결에 앞서○○○나 원고가 원고의 중소기업 해당 여부에 관하여 제대로 확인하지 못한 것이 중대한 과실로 인한 것이라고 보기는 어렵다.
(3)앞서 본 바와 같이○○○와 원고가 비슷한 시기에 서로에 대하여 이 사건 계약 취소 통지를 하였고,이 사건 각 부동산에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기에 대한 말소등기 또한○○○와 원고 간 소송 등 별도의 분쟁 없이 신청에 의하여 이루어졌던 것으로 보이기는 한다.
또한 이 사건 계약 체결 전까지 원고의 발행주식440,000전부를○○이 보유하고 있었고,○○○는○○의 주요 주주에 해당한다.그러나 이러한 점들을 감안하더라도,다음과 같은 점들에 비추어 이 사건 계약의 취소가 사실상 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과하다고 볼 수는 없다.
① ○○○외○○의 주주의 존재 등에 비추어 이 사건 계약의 체결 및 취소와 관련하여○○○와 원고 사이에 이해관계가 온전히 일치한다고 볼 수만은 없다.
②이 사건 계약 체결과 관련하여 착오의 대상이 원고의 중소기업 해당 여부였다는 점에서는 동일하나,그에 따른 효과로서○○○에게는 이 사건 각 부동산 양도에 따른 양도소득세가,원고에 대하여는 취득세 등이 각 문제되었다.이 점에서,○○○와 원고가 각자의 이익을 위하여 이 사건 계약에 대한 취소 의사표시를 별도로 하였을 만한 수긍할 만한 사정이 있었다고 보인다.
③ ○○○는 피고의 이 사건 증액부과처분에 대한 과세예고에 앞서 원고에 이 사건 계약 취소를 통지하였고,원고 역시 위 과세예고 바로 다음날○○○에게 위 계약 취소를 통지하였다.앞서 본 바와 같이 원고의 중소기업 해당 여부가 이 사건 계약 체결 당시부터 계약의 유지 및 이행에 중요한 요소였던 것으로 보이고,이 사건 계약의 체결·이행의 경위 및 원고의 중소기업 해당 여부에 관한 부산지방중소벤처기업청장의 피고에 대한 회신 시점 등을 감안하면,위 각 취소 통지가 단지 실질적인 합의해제에 그친다고 보기는 어렵다.계약 취소의 원인이 된 착오의 대상이 과세처분의 원인과 직결된다는 점에서도,이 사건 계약의 취소가 앞서 본 대법원2013. 6. 28.선고2013두2778판결에서 설시된, ‘사실상 과세처분이 이루어진 이후의 사정에 근거한 것으로서 그 실질에 있어서는 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과한 경우’에 해당한다고 단정할 수는 없다(위 판결 사안에서는 취소의 원인이 된 착오의 대상이 과세처분의 원인과 직접적으로 관련된 것은 아니었던 것으로 보인다).
(4)피고는 원고가 이 사건 각 부동산에 관하여 소유권이전등기까지 마침으로써 이를 취득한 이상 지방세법 시행령 제20조 제2항 제1호 등에 비추어 이미 성립된 납세의무에 아무런 영향이 없다는 취지로 다툰다(위 제20조 제2항 단서의 반대해석상 이미 등기까지 마친 원고의 사실상 취득 자체를 부정할 수 없다는 취지로 이해된다).그러나 위 규정은 계약 해제와 관련하여 사실상 취득을 부정할 예외적인 사유를 정한 것으로서,계약이 취소된 경우에 관한 이 사건에 위 규정이 직접적으로 관련된 것으로 보이지는 않는다.
피고는 지방세기본법 제30조 제2호가2011. 12. 31.법률 제11136호로 개정되면서 해제권 행사에 의한 계약 해제는 후발적 경정청구 사유에서 제외되었다는 점 역시 이 사건 증액부과처분의 근거로 들고 있다.그러나 계약 체결 후의 사정에 따라 해제권이 발생하여 계약이 해제되는 경우와 계약 체결 당시 당사자의 의사표시 하자로 계약 자체가 취소되는 경우를 동일하게 보기는 어려워,피고의 위 주장 역시 받아들이지 않는다.
라.소결론

그렇다면,이 사건 신고납부세액 부분을 포함한 이 사건 증액부과처분은 위법하여 취소되어야 하므로 원고의 주위적 청구는 이유 있고,나아가 원고의 주위적 청구를 전부 받아들이는 이상 예비적 청구는 더 나아가 살피지 않는다.
4.결론

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하여,주문과 같이 판결한다.