【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

피고가2021. 1. 18.원고에 대하여 한 취득세192,610,320원의 경정거부처분을 취소한다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.원고는1956. 9. 3.설립되어‘기독교 서적 출판’을 주된 사업으로 영위하고 있는 재단법인이다.
나.원고는2018. 5. 3.서울 종로구○○○○길○(○○로○가○-○○○)토지(이하‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하고, 2020. 6. 19.이 사건 토지 지상에 지하1층,지상5층 규모의 제2종근린생활시설(이하‘이 사건 건물’이라 하고,이 사건 토지와 합하여‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 신축한 후, 2020. 8. 25.이 사건 건물에 관하여 원고 앞으로 소유권보존등기를 마쳤다.한편 원고는 그 무렵 원고의 주사무소를 이 사건 건물 소재지로 변경하는 등기를 마쳤다.
다.원고는2020. 8. 18.피고에게 이 사건 각 부동산에 관한 취득세 등을 신고ㆍ납부하면서 이 사건 건물 중 지하1층(207.18㎡)은 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28.법률 제18656호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제50조 제1항 본문(이하‘이 사건 조항’이라 한다)에 따라 취득세가 면제된다고 보아,이 사건 토지 취득에 관하여 취득세155,377,560원,농어촌특별세15,537,750원의 합계170,915,310원을,이 사건 건물 신축에 관하여 취득세133,408,310원,지방교육세3,139,010원,농어촌특별세11,771,320원의 합계148,318,640원을 각 신고ㆍ납부하였다.
라.원고는2020. 9. 22.경 피고로부터 이 사건 건물 중 지하1층에 대한 취득세도 신고ㆍ납부하라는 안내문을 받고,그에 따라2020. 11. 13.피고에게 이 사건 토지 취득에 관하여 취득세42,461,180원,농어촌특별세4,246,110원의 합계46,707,290원을,이 사건 건물 신축에 관하여 취득세36,457,480원,지방교육세857,810원,농어촌특별세3,216,820원의 합계40,532,110원을 각 추가로 신고ㆍ납부하였다.
마.원고는2021. 1. 5.피고에게 이 사건 건물 연면적965.5㎡중 지하1층207.18㎡,지상3층 중49.2㎡,지상4층130.55㎡,지상5층72.67㎡의 합계459.6㎡(이 사건 건물 연면적의 약47.6%,이하‘이 사건 쟁점 부분’이라 한다)는 종교행위에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 이 사건 조항에 따라 취득세 면제 대상에 해당한다는 이유로 취득세192,610,320원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나,피고는2021. 1. 18.이를 거부하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
바.원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2022. 11. 24.기각되었다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지5호증,을 제2, 3, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고 주장의 요지

원고는 기독교 복음전파를 목적으로 기독교 서적 출판을 주된 사업으로 영위하는 재단법인으로서‘종교단체’에 해당하고,이 사건 쟁점 부분 중 지하1층을 직원들의 정기예배 및 선교협력을 위한 회의 용도로,지상3층 일부49.2㎡,지상4층 및 지상5층을 법인사무국,이사장실,상임이사실 용도로 실제 사용하고 있으므로,이 사건 쟁점 부분은‘종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용’하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다.따라서 이 사건 쟁점 부분에 관한 취득세는 이 사건 조항에 따라 면제되어야 할 것임에도 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나.관계 법령

별지 기재와 같다.
다.판단

1)관련 법리

이 사건 조항은‘종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.’라고 규정하고 있다.
조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원2020. 6. 11.선고2017두36953판결 참조),위 규정에서 해당 부동산을‘그 사업에 사용’한다는 것은 현실적으로 해당 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 해당 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원2015. 9. 15.선고2014두557판결 참조).
2)구체적 판단

갑 제1호증의 기재에 의하면,원고의 정관 제3조(목적)및 제4조(사업)가 다음과 같이 정하고 있는 사실은 인정된다.
제3조(목적) 본 법인은 예수 그리스도의 복음을 전파하여 사람들을 그리스도에게 인도하고 하나님의 말씀을 가르쳐서 그리스도를 믿고 그 뜻을 순종하여 행복한 삶을 살게 하는 데 있다.제4조(사업)전 조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업을 행한다.국내외에 기독교 복음전파와 교회설립기독교 서적 출판 및 반포하는 일기독교 신앙 수련 및 교육하는 일기독교 선교 방송 사업자선사업을 통해 불우한 이웃을 돕는 일청소년 수련과 교육으로 건전한 미래 지도자 양성위 각항에 부대되는 사업 일체

그러나 앞서 든 증거들과 갑 제10, 17, 18호증,을 제1, 4, 5, 6호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되거나 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면,원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 쟁점 부분을 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하였다고 인정하기 부족하고,달리 이를 인정할 증거가 없으므로,이 사건 쟁점 부분이 이 사건 조항에서 정한 취득세 면제 대상이라고 볼 수 없다.따라서 피고가 같은 취지에서 이 사건 처분을 한 것은 적법하고,이와 다른 전제에 서 있는 원고의 주장은 이유 없다(원고가 이 사건 쟁점 부분을 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하였다고 보지 않는 이상,원고의‘종교단체’해당 여부에 대하여는 별도로 판단하지 아니한다).
가)앞서 본 원고의 정관 제2조 및 제3조에 의할 때 원고의 주되고 본질적인 종교 목적 사업은‘선교’와‘교화’라고 봄이 타당하다.원고의 정관 제4조에서 정한 여러 사업 중에‘기독교 서적 출판 및 반포’이 포함되어 있기는 하나, ‘기독교 서적 출판 및 반포’가 원고의 종교 목적 사업에 부수되는 것으로 볼 수 있을지는 몰라도 원고의 종교 목적 사업 자체이거나 이와 직접적인 관련성이 있는 것이라고 보기는 어렵다.
나)원고는 이 사건 건물 중 지하1층을 직원들의 정기예배 및 선교협력을 위한 회의 용도로 실제 사용하고 있으므로,원고가 이 사건 건물 중 지하1층을‘종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용’하는 것이라고 주장한다.
그러나 이 사건 건물 중 지하1층은 선교나 교화 사업에 반드시 필요하다거나 이를 주된 목적으로 하는 공간이라고 보기 어렵고,오히려 원고 직원들에게 휴식 등을 제공하기 위한 용도로 주로 사용되는 것으로 볼 여지가 충분하다.그 구체적인 이유는 다음과 같다.
①이 사건 건물에 관하여 최초로 작성된 일반건축물대장에는 지하1층의 용도가‘제1종근린생활시설(휴게음식점)’이라고 기재되어 있었다.원고는2020. 9. 22.경 피고로부터 이 사건 건물 중 지하1층에 대한 취득세도 신고ㆍ납부하라는 안내를 받고2020. 11. 13.그에 따른 취득세 등을 추가로 신고ㆍ납부한 이후인2020. 12. 23.경에서야 위 일반건축물대장상 지하1층의 용도를‘제2종근린생활시설(종교집회장)’로 변경하였다.
②피고 소속 담당 공무원이2020. 8. 19.이 사건 건물을 방문하여 촬영한 사진에 의하면,이 사건 건물 중 지하1층에는 주로 통상의 휴게음식점에서 볼 수 있는 일반적인 형태의 테이블과 의자가 설치되어 있을 뿐,작은 크기의 십자가와 설교대 외에 종교행위를 목적으로 하는 특별한 설비가 설치되어 있지 않은 것으로 보인다.오히려 위 공간에는 전자레인지,정수기 등 원고 직원들이 음료를 마시고 휴식을 취하기 위해 필요한 설비가 적지 않게 설치되어 있는 것으로 보인다.
③피고 소속 담당 공무원이2020. 9. 17.이 사건 건물을 방문하여 지하1층의 용도를 질의하였을 때 원고 직원은‘예배실로 사용하고 있고,예배시간 외에는 직원들의 휴게실,외부 손님을 맞는 접객실 등으로 사용한다.’라고 답변하였다.
④원고의 주장에 의하더라도,이 사건 건물 중 지하1층에서 매주 월요일 오전9시경 대부분 원고의 직원들에 의하여 정기예배가 이루어질 뿐이고 정기예배가 없는 시간에는 협력 선교사나 인근 교회 신도들의 선교협력 용도로 사용되거나 직원들의 휴게용으로 사용된다는 것이다.원고가 협력 선교사나 인근 교회 신도들에게 이 사건 건물 중 지하1층을 사용하도록 대관한다고 하더라도 이를 두고 원고가 이 사건 건물 중 지하1층을‘종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용’한다고 단정하기 어려울 뿐만 아니라,대부분 원고 직원들을 구성원으로 하는 정기예배를 위하여1주일에1회 특정 시간에만 일시적으로 사용된다는 사정만으로 이 사건 건물 중 지하1층이‘종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용’된다고 보기도 어렵다.
⑤원고가 제출한‘선교협력실,예배실 사용현황 대장’(갑 제17호증)에 의하더라도,이 사건 건물 중1층이 원고가 주장하는 선교협력을 위한 회의 용도로 사용된 횟수는2020. 12. 23. 1건, 2022. 4. 10. 1건 등 총2건에 불과하다.원고가 이 사건 건물 중 지하1층의 공식 용도라고 주장하면서 제출한 이사회 회의록,외부기관 등의 선교협력실 이용에 관한 규칙(갑 제23, 24호증)등의 자료는 이 사건 소 제기 이후에 작성된 자료에 불과하다.1)

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주1)이사회 회의록(갑 제23호증)날인란 앞부분의‘2022. 4. 14.’은‘2023. 4. 14.’의 오기로 보인다.
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다)원고가 이 사건 쟁점 부분 중 지상3층 일부49.2㎡,지상4층 및 지상5층을 법인사무국,이사장실,상임이사실로 실제 사용하고 있는 것으로 보이기는 하나,위 각 공간이 원고의 선교나 교화 사업에 반드시 필요하다거나 이를 주된 목적으로 하는 공간이라고 보기 어렵다.그 구체적인 이유는 다음과 같다.
①이 사건 건물에 관하여 최초로 작성된 일반건축물대장에는3층과4층 및5층의 용도가‘제2종근린생활시설(사무소)’이라고 기재되어 있었다.원고는2020. 9. 22.피고로부터 이 사건 건물 중 지하1층에 대한 취득세도 신고ㆍ납부하라는 안내를 받고2020. 11. 13.그에 따른 취득세 등을 추가로 신고ㆍ납부한 이후인2020. 12. 23.경에서야 위 일반건축물대장상4층 및5층의 용도를‘제2종근린생활시설(종교집회장)’로 변경하였다.
②원고의 정관에 의하면,원고의 이사장은 원고를 대표하며 원고의 업무를 통할하는 업무를 수행하고(제8조),원고의 상임이사는 이사회를 통하여 원고의 업무에 관한 사항을 심의하며 이사회의 결의 또는 이사장으로부터 위임된 사항을 처리하는 이사들 중1인으로서 이사장 궐석 등의 경우 이사회 사무를 원활하게 수행하는 업무를 수행하며(제9, 10조),원고의 법인사무국은 사무국장과 직원으로 구성되어 원고의 이사장의 지시를 받아 원고의 업무를 처리하는 업무를 수행한다(제23내지25조).
그런데㉠원고의 재무제표에 의하면,원고는2018년과2019년에 약204~206억 원의 매출액 및 약2억2,600~2억4,400만 원의 당기순이익을 달성하였고,그 대부분은 기독교 서적 출판사업으로 인하여 발생된 것으로 보인다.㉡원고의‘2018년 고유목적사업비 지출 명세서’상 사용처가‘선교비’라고 기재되어 있는 비용은 약2,500만 원, ‘2019년 고유목적사업비 지출 명세서’상 사용처가‘선교비’라고 기재되어 있는 비용은 약3,600만 원에 불과하다.㉢원고는 이 사건 처분 전 피고로부터 자료 제출 요청을 받았음에도 위 각‘고유목적사업비 지출 명세서’상 선교 관련 비용의 구체적인 사용처나 그 비용의 지출과 관련된 선교 활동 내역에 관한 객관적인 자료를 제출하지 않은 것으로 보이고 이 사건 소송에서도 이에 관한 별다른 자료를 제출하지 않았다.㉣이 사건 건물 중 이 사건 쟁점 부분을 제외한 나머지 공간에는 모두‘기독교 서적 출판’과 관련된 부서인 제작부,디자인부,성경부,편집부,재정부,전산부가 위치하고 있는 것으로 보인다.㉤원고가 운영하는 출판사업 홈페이지에 의하면,원고는 설립 이후 약68년에 걸쳐 약4,200종의 기독교 서적을 출판하여 보급하였고 연간230만 부의 책을 유통하고 있는 것으로 보인다.
이러한 사실 내지 사정들에다가 앞서 살펴본 이 사건 건물 중 지하1층의 물적 시설과 실제 사용현황까지 더하여 보면,원고의 주된 사업은 수익사업인‘기독교 서적 출판’으로 보이는바,이 사건 건물 중 지상3층 일부49.2㎡,지상4층 및 지상5층,즉 이사장실,상임이사실 및 법인사무국 공간도 이러한 사업에 주로 사용되는 것으로 봄이 타당하다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2021. 12. 28.법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "수익사업"이란「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제)

①종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1.해당 부동산을 취득한 날부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

끝.