【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 감병욱 외 1인)
【피 고】 용인세무서장
【변론종결】2024. 1. 18.
【주 문】
1. 피고가 2022. 6. 21. 원고에게 한 법인세 684,216,380원의 부과처분이 무효임을 확인한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
가. 원고는 환경오염 방지 시설업 등을 영위하는 법인으로, 2002. 3. 21. ‘고양시 일산동구 (주소 1 생략)’을 본점 소재지로 하여 설립된 후 2010. 4. 23. 본점 소재지를 ‘과천시 (주소 2 생략)’에서 ‘충주시 (주소 3 생략)’으로 이전하였다. 원고는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하는 경우 법인세를 감면하는 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2 제1항에 따라 2010 내지 2015 사업연도 법인세 합계 575,000,000원을 감면받았다.
나. 원고는 2017. 7. 5. ‘용인시 수지구 (주소 4 생략)’(이하 ‘쟁점 소재지’라 한다)으로 본점 소재지를 다시 이전하였다.
다. 감사원장은 국세청에 대한 조세감면제도 운영실태 감사를 실시하였고, 그 결과 2020. 5.경 피고에게 원고가 본점을 수도권으로 다시 이전하였으므로 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항 제3호, 구 조세특례제한법 시행령(2018. 1. 16. 대통령령 제28583호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제60조의2 제12항 제3호에 따라 수도권으로 본점을 이전한 날로부터 소급하여 5년 이내의 감면세액을 추징하라는 내용의 처분요구를 하였다.
라. 이에 따라 피고는 원고에 대한 2017 사업연도 법인세 684,000,000원의 경정결정(이하 ‘종전 처분’이라 한다)을 하고 2020. 7. 2. 위 법인세 납세고지서(이하 ‘종전 납세고지서’라 한다)를 쟁점 소재지로 발송하였다. 원고는 종전 납세고지서가 원고에게 적법하게 송달된 것으로 볼 수 없다는 이유로 종전 처분에 대한 법인세부과처분 무효확인의 소를 제기하였다(수원지방법원 2022구합60500, 이하 ‘종전 소송’이라 한다). 종전 소송 과정에서 원고가 제출한 용인수지우체국 공문에 의하여 당시 집배원이 아무도 없는 쟁점 소재지에 고지서를 송달하고 수령인을 원고 대표자로 임의 기재하여 송달완료로 처리한 것임이 확인되었고, 이에 피고는 종전 처분을 취소하였으며, 원고는 2022. 7. 18. 종전 소송을 취하하였다.
마. 피고는 2022. 6. 21. 구 조세특례제한법 제63조의2 제1항에 따라 다시 원고에 대한 2017 사업연도 법인세 684,216,380원(가산세 포함, 이하 같다)의 경정결정(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하고, 같은 날 원고에게 과세예고통지를 함과 동시에 이 사건 처분을 고지하였으며, 이에 따른 과세예고통지서와 고지서가 2022. 6. 23. 원고에게 송달되었다.
바. 원고는 원고가 2017. 7. 5. 본점 소재지를 쟁점 소재지로 이전한 것은 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항 제5호 및 제6호의 사유에 해당하지 않으므로 이 사건 처분이 위법하다고 주장하며 2022. 9. 19. 피고에 이의신청을 하였으나 피고는 2022. 11. 10. 위 규정의 적용 여부와 관계없이 원고가 2017. 7. 5. 쟁점 소재지로 본점을 이전한 것은 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항 제3호의 사유에 해당한다는 이유로 원고의 이의신청을 기각하였다.
사. 원고가 위 이의신청 사유와 동일한 이유로 2023. 1. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원 역시 원고가 2017. 7. 5. 쟁점 소재지로 본점을 이전한 것은 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항 제3호의 사유에 해당한다는 이유로 심판청구를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 당사자들 주장의 요지
가. 원고
국세기본법 제81조의15 제2항에 따르면 과세예고통지를 받은 자는 30일 이내에 과세적부심사를 청구할 수 있는데 피고는 위 과세적부심사 청구기간이 도과하기 전, 즉 과세예고통지와 이 사건 처분을 같은 날에 하였다. 그런데 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항에 따라 원고는 2017 사업연도 법인세 신고 시 당초 감면받은 세액을 납부하여야 하므로, 위 감면받은 세액에 관하여는 2017 사업연도 법인세 신고기한 다음날인 2018. 4. 1. 비로소 세금을 징수할 수 있는 사유가 발생하였다고 할 것인바, 이와 다른 전제에서 이 사건 처분 당시 부과제척기간 만료일이 1개월도 남지 않았다고 볼 것은 아니다. 따라서 이 사건 처분은 절차상 하자가 있고, 그 하자가 중대·명백하여 무효이다.
나. 피고
원고가 2010. 4. 1. 본점 소재지를 충주시로 이전하였다가 2017. 7. 5. 쟁점 소재지로 이전하였으므로, 부과제척기간 기산일은 2017. 7. 5.이고, 5년의 제척기간을 적용하면 부과제척기간 만료일은 2022. 7. 5.이 되는데, 이 사건 처분일인 2022. 6. 1.에는 부과제척기간 만료일이 1개월도 남지 않게 되어 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다.
3. 관계 법령
별지 기재와 같다.
4. 판단
가. 관련 법리
1) 국세기본법 제81조의15 제1항 제3호에 따르면, 세무서장 또는 지방국세청장은 납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지하여야 한다. 또한 국세기본법 제81조의15는 제2항 제2호에서 ‘제1항에 따른 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다’고 규정하면서, 제3항 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있다. 따라서 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세예고통지를 받더라도 과세전적부심사를 청구할 수 없다.
2) 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2023. 12. 7. 선고 2022두45968 판결 등 참조).
나. 구체적 판단
1) 이 사건 처분의 부과제척기간
구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제26조의2는 국세 부과의 제척기간에 관하여 정하고 있고, 원고는 제1항 제1호 내지 제1의2호의 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우, 같은 항 제2호의 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 해당하지 않으므로, 원고에 대한 법인세 부과제척기간은 같은 항 제3호에 따라 ‘부과할 수 있는 날부터 5년’이 된다.
2) 이 사건 처분의 부과제척기간의 기산일
가) 구 국세기본법 제26조의2 제5항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법 시행령’이라 한다) 제12조의3 제2항 제3호는 ‘공제, 면세, 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우 해당 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날이 부과 제척기간의 기산일이 된다’고 규정하고 있다.
나) 위 ‘징수할 수 있는 사유가 발생한 날’과 관련하여, 피고는 징수의 근거가 되는 사실관계가 발생한 날, 즉 원고가 본점 소재지를 쟁점 소재지로 이전한 날을 의미한다고 주장하고, 이에 반하여 원고는 위와 같은 사실관계에 근거하여 과세관청의 징수가 가능하게 된 날을 의미한다고 주장한다.
다) 살피건대, 위 규정의 ‘징수할 수 있는 사유가 발생한 날’이란 단순히 사실관계가 발생한 날이 아닌 그러한 사실관계를 기초로 과세관청의 입장에서 징수의 절차에 나아갈 수 있게 된 날을 의미한다고 보는 것이 문언해석에 부합한다.
나아가 구 국세기본법 제27조는 ‘국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리, 즉 국세징수권은 이를 행사할 수 있는 때부터 일정 기간 동안 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다고 규정하면서, 제3항에서 ‘국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때’는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령 제12조의4 제1항 제1호는 과세표준과 세액의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 국세의 경우 신고한 세액에 대해서는 그 법정 신고납부기한의 다음 날 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 신고납세방식의 조세에 있어 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호의 ‘징수할 수 있는 사유가 발생한 날’은 국가가 징수를 목적으로 하는 권리를 행사할 수 있는 때, 즉 법정 신고납부기한의 다음 날을 의미한다고 보는 것이 체계적·유기적 해석에 부합한다.
이와 관련하여, 지방세 제척기간의 기산일에 관하여 정한 구 지방세기본법 시행령(2017. 3. 27. 대통령령 제27958호로 전부개정되기 전의 것) 제18조 제2항 제3호는 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 비과세 또는 감면받은 세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’이 기산일이 된다고 하여 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호와 유사한 규정을 두고 있었다. 그런데 2017. 3. 27. 지방세법기본법 시행령이 대통령령 제27958호로 전부개정되면서 제19조 제2항에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우의 부과 제척기간의 기산일에 관한 규정을 두었는데, 가목에서 ‘법 또는 지방세관계법에서 비과세 또는 감면받은 세액을 신고납부하도록 규정된 경우’에는 ‘그 신고기한의 다음 날’, 나목에서 ‘위 가목 외의 경우’에는 ‘비과세 또는 감면받은 세액을 부과할 수 있는 사유가 발생한 날’을 기산일로 규정하고 있고, 그 개정이유는 비과세나 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우의 지방세 부과의 제척기간 기산일을 명확히 하기 위한 것인바(법제처 개정이유 참조), 구 국세기본법 제12조의3 제2항 제3호에 관한 위와 같은 해석이 타당하다는 점을 뒷받침한다.
라) 이 사건으로 돌아와 보면, 구 조세특례제한법 제63조의2는 제2항에서 지방이전법인에 대한 법인세 감면에 대하여 규정하고 있고, 제7항에서 ‘제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 한 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액을 법인세로 납부하여야 한다’고 규정하면서 같은 항 제3호에서 수도권에 본사를 설치한 경우를 규정하고 있다. 위 규정은 감면받은 세액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 하면서 그 신고기간 내에 신고납부하도록 규정한 것으로 해석되고(피고는 위 규정은 단순히 귀속시기를 정한 것일 뿐이라고 주장하나, 만약 이와 같이 해석할 경우 해당 과세연도 과세표준신고 기한 내에는 과세관청이 징수 절차에 나아갈 수 없음에도 부과제척기간이 진행되는 불합리한 결과가 발생한다), 원고가 2017. 7. 5. 본점을 이 사건 소재지로 이전하여 감면받은 법인세 납부사유가 발생하였음은 앞서 본 것과 같다. 그렇다면 이 사건 처분의 부과제척기간 기산일은 2017 사업연도 법인세 신고기한 인 2018. 3. 31.의 다음날인 2018. 4. 1.이 된다(피고가 이 사건 처분의 부과제척기간의 기산일이 2017. 7. 5.라고 주장하면서 그 근거로 들고 있는 판결들은 모두 위와 같은 감면받은 세액에 대한 신고납부 규정이 없는 경우에 관한 것으로서 이 사건과는 사안을 달리하므로 피고의 주장은 받아들이기 어렵다).
3) 이 사건 처분의 무효 여부
따라서 이 사건 처분의 부과제척기간 만료일은 2023. 3. 31.(부과제척기간 기산일인 2018. 4. 1.로부터 부과제척기간 5년)이라 할 것인데, 과세예고통지일인 2022. 6. 21.로부터 부과제척기간 만료일까지 남은 일수가 3개월을 초과하므로, 이 사건은 국세기본법 제81조의15 제3항에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하지 않는다. 그럼에도 피고는 원고의 과세전적부심사 청구기간(과세예고통지를 받은 날인 2022. 6. 23.로부터 30일)이 도과하기 전으로서 과세예고통지일과 같은 날인 2022. 6. 21. 이 사건 처분을 하였는바, 이는 원고가 과세전적부심사청구를 받을 기회를 부당하게 침해한 것으로서 위법하고, 앞서 본 법리에 비추어 보면 이러한 절차적 하자는 과세전적부심사청구의 취지, 적법절차의 원칙 등에 비추어 그 하자가 중대·명백하다고 판단된다.
5. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김태환(재판장) 박은지 이성열