【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 2020.?11.?27.?원고에게 한 취득세 등 합계 2,911,648,390원의 경정청구 거부처분을 취소한다.
3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.
【이유】
1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제3면 제5행의 “제28조”를 “제29조”로 고쳐 쓴다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유에서 위법하다.

1) 이 사건 토지는 원고가 국가등에 새로 설치한 공공시설을 귀속시키는 것에 대한 반대급부로 국가등으로부터 취득한 부동산이므로, 지방세특례제한법 제73조의2 제1항 제1호에 따라 2020. 12. 31.까지 취득세가 면제되어야 한다.

2) 지방세특례제한법 제73조의2 제1항 제1호의 적용대상인 부동산을 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산’에 한정된다고 보더라도, 이 사건 토지 중 적어도 새로운 공공시설이 설치되어 국가등에 귀속된 부분은, 이 사건 최초승인 고시 당시부터 국가등에 귀속이 예정되어 있었으므로, 지방세법 제9조 제2항 본문 또는 지방세특례제한법 제73조의2 제1항, 실질과세의 원칙에 따라 취득세가 비과세되어야 한다.

3) 원고는 2010. 4. 27. 이 사건 최초승인 고시에 따라 이 사건 토지의 무상귀속에 관하여 협의를 하는 등의 원인행위를 하였고, 그 당시 지방공사 등이 고유목적으로 취득하는 부동산에 대한 취득세 면제 등을 규정한 구 서울특별시 시세 감면 조례(2012. 3. 15. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 종전 조례’라 한다) 제8조 제1항이 유효하게 존재하였다. 이에 따라 원고는 이 사건 종전 조례 제8조 제1항에 따라 추후 취득세를 면제받을 수 있다는 신뢰가 있었으므로, 이 사건 토지의 취득에 대하여 취득세를 부과하는 것은 신뢰보호원칙에 위배된다.

4) 공공주택 특별법 제29조 제1항에 따른 공공시설 등의 무상귀속은 지구계획승인 시점을 기준으로 이루어지므로, 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준은 이 사건 최초승인 고시일을 기준으로 산정되어야 한다. 그럼에도 피고는 조세심판원의 재조사결정에 따라 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준을 산정할 때 그 기준시점을 이 사건 최초승인 고시일(2010. 4. 27.)이 아닌 준공일(2020. 8. 5.)로 하였는바, 이는 잘못된 것이다.

나. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결의 별지를 이 법원의 별지1로 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

다. 판단

1) 이 사건 처분이 지방세특례제한법 제73조의2 제1항 제1호에 따라 취득세가 비과세되어야 한다는 주장에 관하여

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제9면 제7행 다음에 아래 내용을 추가한다.

(4) 설령 구 지방세법 제9조 제2항 및 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항과 관련하여 합목적적 해석이 필요할 여지가 있다고 하더라도, 아래와 같은 이유로 이 사건 토지에 대하여는 위와 같은 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의 면제규정이 적용될 여지가 없다고 봄이 합리적이다.

(가) 조세법규의 해석상 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명확히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 할 수 있을 뿐이다(대법원 2019. 4. 23. 선고 2018다287287 판결 등 참조).

(나) 구 지방세법 제9조 제2항 본문은 ‘국가등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 위 조항 부분의 입법 취지는, 국가등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로, 국가등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 등을 비과세하겠다는 데에 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 참조).

(다) 한편 지방세법이 2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되면서 신설된 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호는 ‘국가등에 귀속 등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.’고 규정하고 있는데, 같은 날인 2015. 12. 29. 법률 제13637호로 신설된 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항은 ‘지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2018. 12. 31.까지(이후 2020. 12. 31.까지로 연장되었다) 취득세를 면제한다.’고 규정하고 있다. 이러한 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의 신설 이유는 국가등의 재산과 교환 등 반대급부를 조건으로 기부채납하는 경우까지 비과세가 필요하다고 보기는 어려우므로 이를 취득세 비과세 대상에서 제외하되 한편으로 구 지방세법 제9조 제2항 본문이 기부채납을 통한 민간투자를 장려하고 있는 사정을 고려하여 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항을 신설하여 3년간 한시적으로 취득세를 면제해 주도록 하는 데 있다(을 제2호증).

(라) 위와 같은 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 문언 및 입법취지와 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의 문언 및 신설 이유 등을 고려해 보면 ‘국가등에 귀속 등을 조건으로 취득한 부동산’이 아닌 이 사건 토지에 대하여는 위와 같은 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의 취득세 한시적 면제규정이 적용될 여지가 없다고 봄이 타당하다. 』

2) 이 사건 토지 중 적어도 새로운 공공시설이 설치되어 국가등에 귀속된 부분에 대한 취득세가 비과세되어야 한다는 주장에 관하여

가) 관련 법리

(1) 구 지방세법 제9조 제2항 본문은 ‘국가등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 위 법률조항의 입법 취지는, 국가등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로, 국가등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 등을 비과세하겠다는 데에 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 참조).

위 법률조항에서 정한 비과세요건을 충족하였는지 여부는 국가등에 부동산이 귀속되는 경위와 당사자 사이의 구체적인 협의 내용 등 개별적인 사안에 있어 사실관계에 나타난 제반사정을 종합적으로 고려하여 판단할 수 있을 것이다(헌법재판소 2011. 12. 29. 선고 2010헌바191 결정 참조).

(2) 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 과세물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로, 비과세요건에 대한 증명책임은 비과세 사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조).

나) 이 사건 사업에서 공공시설의 귀속 관련 법령

공공주택 특별법 제29조 제1항은 “공공주택사업자가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 공공시설(주차장ㆍ운동장을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 새로 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우 그 귀속에 관하여는 같은 법 제65조를 적용한다. 이 경우 ‘행정청’은 ‘공공주택사업자’로 본다”고 규정하고 있고, 구 보금자리주택건설 등에 관한 특별법(2010. 4. 15. 법률 제10272호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항도 이와 동일하게 규정되어 있었다. 그리고 공공주택 특별법 제29조 제4항은 “제1항에 따른 공공시설과 재산의 등기에 있어서는 지구계획승인서, 주택건설사업계획승인서 또는 그 변경승인서와 준공확인서로서 부동산등기법에 따른 등기원인을 증명하는 서류에 갈음할 수 있다”고 규정하고 있다.

국토계획법 제65조 제1항은 “개발행위허가(다른 법률에 따라 개발행위허가가 의제되는 협의를 거친 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 국유재산법과 공유재산 및 물품 관리법에도 불구하고 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속된다”고 규정하고 있다.

위 규정들을 종합해 보면, 공공주택 사업과정에서 새로 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우, 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속되며, 지구계획승인서, 주택건설사업계획승인서 또는 그 변경승인서와 준공확인서가 부동산등기법에 따른 등기원인을 증명하는 서류가 된다.

다) 인정사실

(1) 이 사건 사업부지 중 1공구에 대한 준공이 완료됨에 따라 2020. 8. 5. 원고는 공공주택 특별법 제29조 및 국토계획법 제65조에 의한 무상귀속을 원인으로 이 사건 토지를 취득하였고, 국가등은 위 법률 규정 등에 따라 대체 설치된 합계 421,325.8㎡의 토지와 그 지상 시설물을 무상으로 취득하였다.

(2) 이 사건 사업이 완료됨에 따라 종전 토지의 지적공부가 전부 폐쇄되고, 새로 조성된 토지에 대하여 지적공부가 작성되었다.

원고는 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다가 지적공부가 폐쇄됨에 따라 새로 조성된 토지 일부에 관하여 소유권보존등기를 마치고, 그 토지 중 일부는 다시 공공시설 무상귀속을 원인으로 국가등에게 소유권이전등기가 마쳐쳤다.

(3) 원고가 2020. 6.경 이 사건 사업지구 중 1공구에 관하여 작성한 준공검사신청서에는 ‘법 제29조에 따른 공공시설 등의 귀속조서 및 도면’(갑 제20호증 142면 이하), ‘신구 지적대조도’(갑 제20호증 161면 이하)가 첨부되어 있다. 위 ‘법 제29조에 따른 공공시설 등의 귀속조서 및 도면’에는 ‘종전의 공공시설 무상귀속조서 및 도면’과 ‘새로 설치된 공공시설 무상귀속조서 및 도면’이 포함되어 있고, 위 ‘신구 지적대조도’에는 이 사건 사업 전ㆍ후의 지적에 관한 사항(가령, 이 사건 사업 전의 서울 서초구 ○○동 67-2부터 같은 동 115까지 44필지는 이 사건 사업 후 서울 강남구 ○○동 376부터 같은 동 418까지 44필지로 이동되었다)이 기재되어 있다.

그리고 이와 같이 원고에게 무상귀속되는 공공시설과 국가등에 귀속되는 대체시설물에 관한 조서는 이 사건 최초승인 고시에 기재된 이후, 사업내용이 변경될 때마다 조서 내용도 일부 변경되어 왔다.

(4) 원고는 이 사건 변론과정에서 원고가 무상으로 취득한 이 사건 토지 중 다시 국가등으로 무상귀속된 부분을 특정하기 위해 해당 부분의 위치와 면적을 CAD(Computer Aided Design) 프로그램을 이용하여 별지 2 기재와 같이 산출ㆍ제시하였다(갑 제26호증).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제13 내지 17, 19 내지 25호증의 각 기재 내지 영상, 변론 전체의 취지

라) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 갑 제13 내지 17, 19 내지 26호증의 각 기재 내지 영상 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음의 사정을 종합하면, 이 사건 토지 중 별지 2 기재 ‘국가등에 무상귀속 된 신규대체 공공시설 면적’란 기재 토지 부분(합계 19,600.73㎡)은 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 국가등에 귀속되는 것이 사실상 확정되었다고 봄이 타당하므로, 해당 부분은 구 지방세법 제9조 제2항 본문, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항에 따라 취득세 비과세 대상에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 공공주택 특별법 제31조, 같은 법 시행령 제23조 제1항에 의하면, 공공주택사업자가 준공검사를 받으려면 신청서에 ‘법 제29조에 따른 공공시설 등의 귀속조서 및 도면’(제4호), ‘신구 지적대조도’(제6호) 등을 첨부하여 국토교통부장관에게 제출하여야 한다.

그리고 공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조 제5항에 따라 사업시행자가 준공검사를 마치고 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 사업시행자에게 각각 그 공공시설이 귀속된 것으로 간주된다.

위 규정들에 따라 사업시행자는 준공검사 신청서에 ‘새로 설치된 공공시설의 무상귀속조서 및 도면’, ‘신구 지적대조도’ 등을 첨부하여 국토교통부장관에게 제출하고, 준공검사를 마친 뒤 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지한 날에 관리청은 대체 공공시설을, 사업시행자는 기존 공공시설을 각각 취득하게 된다.

(2) 원고는 위 규정들에 근거하여 준공검사 신청서에 기재된 내용대로 기존의 공공시설 부지인 이 사건 토지를 취득하였는데, 이 사건 토지 중에서 이 사건 각 고시 및 준공검사 신청서에 정해진 바에 따라 대체 공공시설이 설치되어 국가등에 귀속되는 것으로 함께 정해진 토지의 경우에는, 당해 토지의 취득은 공공시설을 설치한 후 그 부지를 공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조에 따라 국가등에 무상귀속하기 위한 것으로서 ‘부동산을 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’로 봄이 상당하다. 이 경우 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 취득세를 비과세하는 것이 구 지방세법 제9조 제2항 본문, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의 입법취지에 부합한다.

(3) 이 사건 각 고시와 원고가 준공검사 신청서에 첨부한 ‘새로 설치된 공공시설 무상귀속조서 및 도면’에는 이 사건 사업으로 새로 설치되는 공공시설이 도면의 형태로 특정되어 있고, 도로, 주차장, 공원 등 공공시설별 면적 등은 조서에 특정되어 있으므로, 원고가 취득한 이 사건 토지 중 대체 공공시설이 설치된 위치나 면적을 대강으로나마 확인할 수 있다.

예를 들어, 서울 서초구 ○○동 341-11(갑 제14호증의 1 63면 표의 연번 2)의 경우 대체 공공시설로서 도로, 하천에 편입된다는 사실이 확인되는데, 위 토지들은 원고가 무상으로 소유권을 취득한 이 사건 토지의 일부(갑 제20호증 144면 표의 연번 1)이다.

나아가, 원고의 2022. 10. 27.자 준비서면 5~10면에 제시된 이 사건 토지의 지번과 원고가 제출한 지구계획변경승인·고시상의 국가 및 지방자치단체 귀속분 상의 토지 지번(갑 제14호증의 5 32~36면, 붙임 3의 4. 다항 부분 참조)을 비교해 보면, 동일한 지번으로 ○○동 ○○○-○, ○○동 ○○○-○○, ○○동○○○-○가 발견된다. 그런데 (i) 위 고시상 국가등 귀속부분으로 기재된 ○○동 411-1 4,740㎡의 경우 2010. 6. 29. 분할로 인하여 4,273㎡가 ○○동 ○○○-○○로 이기되고 나머지 467㎡(이 부분은 등기부상 서초구청 소유로 되어 있다)만이 남았는데, 원고에게 무상귀속되는 부분은 위 4,273㎡의 일부(4,050㎡)로 보이고(갑 제14호증의 4 46면, 붙임 3의 4. 가항 부분, 갑 제15호증 27면, 갑 제20호증 147면 참조), (ii) 마찬가지로 위 고시상 국가등 귀속부분으로 기재된 ○○동 ○○○-○○ 1,519㎡의 경우도 2019. 11. 20. 분할로 인하여 1,093㎡가 ○○동 270-39로, 7㎡가 ○○동 ○○○-○○으로 각 이기되고 나머지 419㎡(이 부분은 등기부상 대한민국 소유로 되어 있다)만이 남았는데, 원고에게 무상귀속되는 부분은 위 1,093㎡의 일부로 보이며(갑 제1호증 49면, 갑 제14호증의 4 42면, 갑 제15호증 14면, 갑 제20호증 144면), 위와 같이 ○○동 411-1에서 분할 된 ○○동 ○○○-○○, ○○동 270-25에서 분할된 270-39가 공공시설용지의 일부로 편입되었음이 확인된다. 나아가 (iii) 위 고시상 국가등 귀속부분으로 기재된 ○○동 422-5의 경우, ○○동 422-2 582㎡ 중 368㎡가 분할, 이기된 것으로서 그 중 260㎡가 원고에게 무상귀속 되었는데(갑 제14호증의 4 46면, 67번), ○○동 422-5 일대 309㎡는 원래 국가등에 귀속되어 녹지로 편입될 계획이었다가(갑 제14호증의 4 50면, 3)항 8번) 이후 다른 토지를 합쳐 701.2㎡이 공공공지로 편입되는 것으로 계획이 변경되었는바(갑 제14호증의 5 36면, 6)항 8번), ○○동 422-5 중 원고에게 무상귀속된 부분과 국가등에 귀속되는 부분이 동시에 존재하는 것으로 보인다(갑 제14호증의 4 46면, 붙임 3의 4. 가항 부분, 갑 제15호증 27면, 갑 제20호증 154면 참조).

(4) 한편, 이 사건 각 고시와 준공검사 신청서에는 ‘국가등에 귀속’된 토지가 구체적으로는 지형도면과 일부 지번만으로 나타나 있을 뿐, 그 지번과 면적이 모두 기재되어 있지는 않으므로, 원고가 취득한 이 사건 토지 중 ‘국가등에 귀속’된 토지의 위치, 면적이 구체적으로 특정되었는지 문제가 되고, 피고도 이 부분을 지적하고 있다.

그러나 원고와 국가등이 무상으로 취득한 신ㆍ구 공공시설의 소유권 귀속에 관한 자료인 ‘새로 설치된 공공시설의 무상귀속조서 및 도면’, ‘신구 지적대조도’ 등을 대조하여 보면 원고가 취득한 이 사건 토지 중 국가등에 귀속되는 토지의 위치와 면적을 구체적으로 특정할 수 있다고 할 것이고, 원고는 갑 제26호증과 같이 기존 지적도와 신규 지적도를 겹쳐 놓은 상태에서 CAD 프로그램을 이용하여 별지 2 목록 국가등에 무상귀속된 신규ㆍ대체 공공시설 란 기재와 같이 원고가 취득한 이 사건 토지 중 대체 공공시설이 설치되어 국가등에 귀속된 부분의 지번, 면적을 특정ㆍ제시하였다.

위와 같이 원고가 정리하여 제출한 내곡지구 1공구 무상귀속 토지의 용지별 편입 면적(갑 제26호증)에 의하면, 이 사건 토지 중 공공시설용지로 (분할되어) 편입된 토지의 구체적 내용이 확인되고, 이는 원고가 정리한 것이기는 하나, 이 사건 각 고시의 기재 및 관련 지형도 등을 근거로 CAD 프로그램을 이용하여 정리한 것이어서 구체성, 신빙성이 있어 보이며, 이에 따르면 이 사건 토지 중 위 ○○동 ○○○-○ 등 3필지를 포함한 다수의 토지가 이 사업 준공 이후 실제로 공공시설용지로 편입되어 사용되었다고 볼 수 있다.

비록 원고가 원고와 국가등에 중복되어 귀속되는 위치와 면적을 정확하게 특정하여 입증하지는 못하였다고 하더라도, 위와 같이 이 사건 토지 중 적어도 일부분이 원고와 국가등에 중복 귀속되는 것이 사실상 확정되어 있었다고 보이는 이상 해당 부분은 실질적으로 원고가 국가등에 귀속 등을 조건으로 취득한 것으로서 이를 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하였다고 보이므로, 해당 부분에 대한 취득세를 원고에게 부담시키는 것은 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 입법 취지에 반하는 것으로서 불합리하다.

공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조 제1항에 따라 무상귀속의 대상이 되는 공공시설 부지는 도시개발구역 지정 이후 사업이 진행되면서 여러 가지 이유로 변동이 있을 수 있고, 심지어는 실시계획인가가 이루어진 이후에도 최종적으로 기반시설이 설치되기 전까지는 그 변경인가 등을 통해 변동이 있을 수 있으므로, 그러한 변동 가능성만으로 일괄적으로 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 취득세 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보게 되면, 그 부동산의 취득의 실질이 ‘국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과함에도 이를 반영하지 못하여 부당할 뿐만 아니라, 이 사건과 같은 공공주택 개발사업에서는 취득세 비과세 대상에 해당하는 경우가 거의 존재하지 않게 되어 불합리하다. 만약 토지 취득자가 귀속 등의 조건을 이행하지 않거나 국가등에 귀속되지 않는 것으로 조건이 변동된다면 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제1호를 적용하여 다시 취득세를 부과할 수 있으므로, 조세정의에 반할 우려가 없고, 위와 같이 구 지방세법 제9조 제2항의 본문과 단서를 해석하는 것이 그 입법취지와 목적에 부합하고 실질과세의 원칙에도 더 부합한다.

따라서 이 사건 토지 중 별지 2 목록 국가등에 무상귀속된 신규ㆍ대체 공공시설 란 기재 각 토지 부분은 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 위치, 면적이 특정되어 있다고 할 것이므로, 비과세 요건이 충분히 증명되었다고 보인다.

한편, 피고는, 갑 제4, 13, 26호증을 고려해 볼 때 원고가 CAD 프로그램을 이용하여 이 사건 토지 중 공공시설용지로 편입된 토지의 구체적 내용이 산정할 때마다 일부 달라지고 있어 이러한 산정 결과를 신뢰할 수 없다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 위와 같은 산정 내역은 원고가 이 사건 각 고시의 기재 및 관련 지형도 등을 근거로 CAD 프로그램을 이용하여 정리한 것이어서 구체성, 신빙성이 있어 보이고, 일부 차이가 발생한 부분은 원고가 조금 더 정확하게 산정을 하면서 이 사건 토지 중 공공시설용지로 재차 편입된 토지의 면적이 일부 감축된 것에 불과하므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 토지의 취득에 대하여 취득세를 부과하는 것은 신뢰보호원칙에 위배된다는 주장에 관하여

가) 관련 법리

조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없다. 따라서 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전ㆍ후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이다.

그러나 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용되나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결, 대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정들을 종합하면, 원고의 이 사건 토지 취득에 관하여 취득일 당시 시행되고 있던 법령이 아닌 이 사건 종전 조례가 적용될 수는 없고, 이 사건 종전 조례 제8조 제1항에 따라 추후 취득세 등을 감면받으리라는 원고의 신뢰는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

(1) 2010. 4. 27. 이 사건 최초승인 고시에 따른 원인행위 당시 시행되었던 이 사건 종전 조례 제8조 제1항에서 지방공사 등에 대한 취득세 등의 면제를 규정하고 있었으나, 2011. 12. 31. 지방세특례제한법 제85조의2에 관련 규정이 신설되면서 이 사건 종전 조례 제8조 제1항은 2012. 3. 15. 개정된 서울특별시조례 제5277호로써 삭제되었다.

(2) 이 사건 종전 조례가 제8조 제1항 관련하여 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 부칙 등에서 명시적으로 규정하지 않았다.

(3) 이 사건 토지 취득일(2020. 8. 6.) 당시 시행되고 있던 구 서울특별시 시세 감면 조례(2018. 12. 31. 서울특별시조례 제6944호로 개정된 것)는 부칙 제3조를 통해 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’는 내용의 경과규정을 두고 있기는 하였으나, 이 사건 종전 조례는 부칙에서 2012. 12. 31.까지 그 효력을 가진다고 규정되어 있었고(부칙 제3조), 위 2012. 12. 31.까지 일부개정 되었던 구 서울특별시 시세 감면 조례들에서 이 사건 종전 조례 제8조 제1항의 효력에 관한 경과규정을 특별히 두지도 않았다. 따라서 이 사건 종전 조례가 제8조 제1항 관련하여 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 묵시적으로 나마 규정하였다고 보기도 어렵다.

(4) 원고가 주장의 근거로 드는 대법원 1998. 11. 13. 선고 97누201 판결은 개정법 부칙에서 취득세 면제에 관한 규정이 장래의 한정된 기간까지 적용된다고 규정하였음에도 불구하고 그 기간이 도래하기 이전에 시행령 규정을 개정함으로써 과세면제의 혜택을 배제한 사안에 관한 것이므로, 이 사건 종전 조례 제8조 제1항에서 정한 지방공기업 등에 대한 취득세 등의 면제가 원고가 이 사건 토지를 취득하는 시점을 포함하여 일정 시점까지 계속 지속된다는 내용이 없는 이 사건에는 적용된다고 보기 어렵다.

4) 이 사건 최초승인 고시일을 기준으로 취득세 과세표준을 산정하여야 한다는 주장에 관하여

가) 관련 법리

(1) 구 지방세법 제10조 제1항은 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있다. 취득 시기에 관하여, 구 지방세법 제7조 제2항 본문은 ‘부동산등의 취득은 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다.’고 규정하고 있다. 여기서 사실상의 취득이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못하였으나 대금 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다(대법원 2018. 2. 28. 선고 2017두64897 판결 등 참조).

(2) 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용ㆍ수익ㆍ처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세대상으로 하는 것이다(대법원 1998. 12. 8. 선고 98두14228 판결, 대법원 2013. 6. 28. 선고 2013두2778 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 사정을 종합하면, 이 사건 최초승인 고시가 있었던 시점이 아니라 ‘준공검사를 마친 후 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 날’인 2020. 8. 6.을 기준으로 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 보이므로, 이와 다른 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

(1) 공공주택 특별법 제29조 제1항은 ‘공공주택사업자가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 공공시설을 새로 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우 그 귀속에 관하여는 같은 법 제65조를 적용한다. 이 경우 “행정청”은 “공공주택사업자”로 본다.’고 규정하고 있는데, 국토계획법 제65조 제1항은 ‘개발행위허가를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 국유재산법과 공유재산 및 물품 관리법에도 불구하고 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속된다.’고 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 ‘개발행위허가를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자는 개발행위가 끝나 준공검사를 마친 때에는 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지하여야 한다. 이 경우 공공시설은 그 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속된 것으로 본다.’고 규정하고 있다.

(2) 구 지방세법 제7조 제2항 본문에 의하면, 국토계획법 제65조에 따라 무상양도 공공시설을 취득한 경우에 그 부동산을 사실상 취득하였다고 하기 위해서는 소유권 취득의 실질적 요건을 갖추었다고 평가되어야 한다. 국토계획법 제65조 제4항은 ‘특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수가 제3항에 따라 관리청의 의견을 듣고 개발행위허가를 한 경우 개발행위허가를 받은 자는 그 허가에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인ㆍ허가 등을 받은 것으로 보아 개발행위를 할 수 있다. 이 경우 해당 공공시설의 점용 또는 사용에 따른 점용료 또는 사용료는 면제된 것으로 본다.’고 규정하고 있는데, 위 규정은 사업시행자가 사업계획에 따라 무상양도 공공시설을 사용하여 공사를 수행하는 데에 장애가 없도록 승인·허가를 의제하는 규정일 뿐이고, 위 규정이 사업시행자에게 무상양도 공공시설에 대한 사실상 소유권을 인정하는 취지로 해석하기는 어렵다. 따라서 원고가 위 국토계획법 제65조 제4항에 따라 이 사건 사업부지를 사용하고 이 사건 사업을 수행하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 토지에 대한 소유권 취득의 실질적 요건을 갖추었다고 보기는 어렵다.

(3) 앞서 본 바와 같이, 국토계획법 제65조 제5항은 무상양도 공공시설은 준공검사를 마치고 관리청에 무상양도 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 날에 사업시행자에게 양도된 것으로 본다고 규정하고 있다. 그런데 사업시행자가 준공검사를 마치고 관리청에 무상양도 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지함으로써 공공시설의 소유권을 취득하는 것은 민법 제187조에서 정하는 법률의 규정에 의한 부동산 물권 취득에 해당하나, 위와 같이 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지하는 것은 사실상의 취득행위 자체에도 해당한다고 보이므로, 위 시점을 취득세 과세표준 산정의 기준시점으로 보는 것이 ‘재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종’이라는 취득세의 본질에 부합하는 점, 지방세법령에 공공주택 특별법 제29조 제1항 등에 따라 사업시행자에게 귀속되는 공공시설의 취득시기에 관한 규정을 두고 있지 아니한 점 등을 고려해 보면, 공공주택사업자의 무상양도 공공시설 취득에 관한 취득세 부과에 있어 그 취득 시기는 공공주택 특별법 제29조, 국토계획법 제65조에 따라 ‘관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 때’로 봄이 타당하다.

라. 취소의 범위

1) 과세처분의 위법을 다투는 소송에 있어 그 처분의 적법 여부는 고지세액이 정당세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 변론종결 시까지 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 증거를 제출할 수 있고, 어느 과세처분에 의해 고지된 세액이 정당세액 범위 내의 것인지의 여부는 당해 과세처분의 취소를 구하는 소송 중에 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 가릴 수 있다(대법원 1989. 10. 27. 선고 88누2830 판결 등 참조). 그러나 당사자가 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두72935 판결 등 참조).

2) 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지 중 별지 2 목록 국가등에 무상귀속된 신규ㆍ대체 공공시설 란 기재 각 토지 부분은 원고가 취득할 당시부터 추후 국가등에 귀속되어 새로운 공공시설로 편입될 것이 예정되어 있었다고 보이므로, 해당 부분은 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산’에 해당하여 취득세가 비과세되어야 한다. 그런데 피고가 이 법원 변론종결 시까지 이에 대한 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하였고, 그로 인해 이에 대하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에 해당하게 되었다고 봄이 상당하므로, 결국 이 사건 처분은 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 한다.